視角回到四號機插入栓中，藤野重新從昏迷中醒來，顫顫巍巍地從淺淺的LCL液中站起，
“剛剛戰斗服上的心臟起搏器已啟動，且注射了一定量的腎上腺素，強制你的身體重新啟動。”Dragon系統報告著，兩側的屏障開啟，亮出了里面放有LCL改進溶液的四支玻璃管，一條機械臂把這四個玻璃管拿起安裝在藤野背后，隨著“呲——”的注射聲響，里面的液體全部進入到他的身體里面。
“真是感謝啊，Dragon......”藤野將工具箱取出來到操作臺前，拿著工具用力地拆卸著操作桿上的連接部件調侃道，“我最喜歡的就是你這樣不會有任何關心的系統，能讓我的耳朵清凈清凈。”他拆下了最后一塊連接件，將操作桿給拿了下來，也脫出了一大堆連接在上面的電線。
“要用這個功能還真是麻煩。”藤野還有點手足無措，撓了撓頭，可這時半損壞的屏幕里顯出了四號機眼部捕捉到的零號機圖像，它此時已經撞在了使徒的AT力場上面。他知道時間已經來不及，所以一下子就將所有線路全部一股腦的擼了下來，用著自己的畢生所學將其中最為主要的干線全部找出，隨后連接到箱中已經準備好了的由生物膜包裹著的神經連接電轉信號管，將其銳利的一端扎入太陽穴中，同時將手伸入原操作桿所占的位置里固定住，使整個人即成為了駕駛員，又成為了魂之座。
“EVANGELION四號機，啟動！”
躺在地上的四號機整個身體先是顫抖了下后，背部后面似乎顯露出了微淺的五芒星AT力場波紋，“嘭！”的一聲爆炸，在地面留下一個圓坑的EVA便一下子立起，萎靡地低著頭站在原地，嘴里發著低吼。
“四號機這是怎么回事？”美里急忙詢問一旁的青葉茂道，但青葉茂含含糊糊地無法解釋個一二三，而站在美里背后的律子則無力地倒下，前面是摔下的電腦——她想要通過MAGI的更高權限來分析目前四號機所發生的狀況，可竟被禁止了。“MAGI在保護四號機。”她心中想，看向四號機的眼神變得呆滯，這并不是受到了什么驚嚇，相反她在細細感受著，終于她感受到了，騰地一下站了起來，嘴里喃喃道：
“母親......恨我的......”
“哈啊！哈啊！哈啊！”藤野只感覺有什么東西在吞噬著自己，讓他全身發熱，就像發高燒般控制不住自己的腦子，只想要發泄著心中的火焰，“砰砰砰......”他不停地用頭猛擊前面的屏幕，直到一滴血滴入到底下的殘留的LCL溶液中時才勉強安穩住自己的內心：
“我的計劃......馬上就要完成了......可不能在這里失敗！！！”
眼睛時紅時白的四號機用僅剩的一只手將殘缺的頭部盔甲給拆下，張開失去束縛的巨口吼叫著，隨后拿起掉在地上的刀沖向零號機，瞬間瓦解掉了其外部的AT力場，沖入其中，極快地將零號機拿著N2爆彈的手掌給切下來然后用口接住，同時用手掌住零號機胸口。
“藤野君！”零看著那臺已經殘破不堪的掙扎的四號機，即使心中早有預料到，但眼角處還是流下了淚水，“你不能這樣，你已經沒法承受這一切了！你必須要活著，讓我，讓我來保護你，求求藤野君你，求求你......”
“抱歉了零，但......”四號機眼睛徹底變為紅色，手掌處也閃出了逐漸增強的亮光，“這是我的責任！”
“再見，相信我。”
“藤野君......”零聽到他的聲音，視角前幻顯出了藤野的樣子。他那小小的身軀還是那么的堅毅可靠，微笑著，慢慢伸出他的手往臉頰上靠去，似乎想要揩去自己的淚水，可還沒有接觸到時，他的身影便如同泡沫般消失了，取而代之的就只有漸行漸遠的四號機的背影以及黑暗的熾熱的坑洞中——那并不是回收口，而是使徒用激光破壞產生的直通NERV最底層的大洞：
“我明白了。”零將臉頰上的淚水擦掉，眼神嚴肅地點了點頭，雙手又重新緊握住操作桿，操控著零號機向坑洞里掉下。
......
四號機的AT力場到達了歷史最大值，力場與力場的猛烈碰撞光輝在四周散射，同時N2爆彈的計時器也開始了最后30秒計時。
“啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊！”藤野嘶吼用力著，穩穩的使徒竟開始被推得往后開始移動。它在用那鋒利的片手不斷從各個方向切向四號機，可是卻無法突破，眼睛發射的激光也被其AT力場反射開來，讓穹頂的建筑不斷墜落在他們周圍。
“砰！”四號機推動的速度越來越快，用使徒將落下的石柱和建筑一個個給撞斷，同時也借此將其的AT力場粉碎，最后停在了這地下都市的邊界墻壁上。
“最后10秒。”Dragon報告道。
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“了解！”四號機整個臉部徹底放開，嘴里冒著蒸汽，眼睛綻放出了濃厚的深紅，猶如一個惡魔般盯著使徒。它緩緩舉起唯一一只拿著N2爆彈的手，隨后“噗呲”一聲，使徒的AT力場被完全錘得粉碎，N2爆彈朝著其核心沖去，使徒突然把一層硬殼伸出，將核心保護在里面。藤野一驚，駕駛這四號機立馬快速調整動作，把N2爆彈塞進其嘴里，還想要舉起拳頭敲進去，可是卻沒有時間了。
“轟隆——轟隆——”連續不斷的爆炸聲響起，巨大的蘑菇云忽然騰起，產生的光亮將整個地下都市的陽光給全部覆蓋——這里不再是生機盎然，只留下了世界末日般的黃昏。
“成功了嗎......”青葉茂看著屏幕里刺眼的亮光，下意識地喃喃道。隨著亮光消減，在火光中的兩個背影說明了一切，使徒的嘴部張得大大，看起來是被N2爆彈炸出來的，但它并沒有選擇恢復，反而借此一口將站在其前面奄奄一息的四號機給吞了下去，嘴里發出了“咯咯”的類似笑的聲音。
“為什么使徒會吞掉EVA，簡直聞所未聞？！”律子看著這一幕發出了感嘆，但美里卻敏銳地意識到了這個問題的答案：
“我們被擺了一道，這個使徒是有智慧的。”
“什么？！”
“使徒內部基因序號正在變為四號機的，所有武器系統鎖定全部失靈！”
“基地自爆準備申請已提交，1秒、2秒、3秒......被駁回，MAGI永久拒絕自爆申請！”
雖然律子眼鏡上倒映著屏幕數據，可依然無法掩蓋住她那驚慌的眼神，此時的MAGI如同不受控制般進行著行動，而且一切都像不斷地背叛NERV，那中對恨意的可怕開始填充滿她的全部思想之中。“我不能被母親殺掉，我不能被母親殺掉......”她扶著腦袋，搖頭并在心中默念著，儼然一副失去戰斗力的模樣。
......
“啊啊啊啊......”真嗣瞳孔震動著，盯著那微微顫抖的四號機正在被使徒緩緩吞下。
“真嗣。”加持沉重地發出了聲，“我只能在這里澆水，做不了任何事情。現在能做到事的也就你一個人，而且你也肯定能做到——沒有人綁架你，想想自己要做什么。自己思考，自己決定，不要讓自己為了一時的‘幸運’而承擔一輩子的‘不幸’。”加持從口袋里拿出了一個信封遞給了真嗣，“總之，不要讓自己后悔。”
真嗣打開了信封，上面的字體很熟悉，是藤野的：
“你好啊，真嗣君。雖然我沒辦法看到你最后一面，但我大概預測到你會來這里，所以我就拜托加持先生將這封信交給你。
首先謝謝你在這里幫助我們駕駛EVA抵御使徒。我也知道了你所造成的錯誤，但我并不認為那是個錯誤，這里面或許就有你的難言之隱。不過嘛，塞翁失馬，焉知非福。你不是也可以不駕駛EVA了，對吧？大家也許會埋怨你，但我只感覺到很開心，因為你敢于實現了自己的想法。估計你能拿到這封信也是因為心中的猶豫不決吧，哈哈哈哈，不用擔心了，這里有我，還有大家，會沒事的！如果實在不行的話，我也會付出我的生命來保護你和大家的......勇敢地向前走，順著自己的心！
有緣再見吧，真嗣君。 【豎個大拇指】”
“咔嚓，咔嚓......”捏皺紙張的聲音響起，幾滴淚水掉到了紙面上浸透進去。“順應著自己的心，順著自己的心，順著自己的心......”真嗣低著頭重復念叨，似乎每一次的重復都在給予著自己一點寶貴的勇氣。他看到藤野已經做出了自己的選擇，而現在，輪到他了。
“轟隆！”基地被使徒一個激光爆破出一個巨大的坑洞。在漫天閃爍的火光中，真嗣抬起頭來，眼神變得前所未有的堅定：
“我知道了。”
他轉過身來，丟下身上的所有東西，在草地上甩開肩膀朝著基地跑去。
......
“第三基部直接被擊中！”青葉茂報告道。
“最后一層裝甲溶解，主垂直溝完全暴露！”日向誠報告道。
“主垂直溝是完全通向中央教條的，它的第一目標是我們！”美里分析著，然后趕忙下達命令道，“通知所有人緊急撤退，速度要快！”
“撤退！撤退！撤退！撤退......”
律子被廣播里一陣陣的喊叫聲給“吵醒”，顫顫巍巍地站了起來來到伊吹旁邊問道：
“初號機，初號機還不能啟動嗎？”
“不行！傀儡系統還是被拒絕！”
“那就繼續第108次測試。”已經站在操作的林東旁邊的碇源堂繼續命令道，那語氣絲毫沒有半點驚慌，也沒有一絲肯定，仿佛這一切對于他來說毫無關系般。
“是！”與碇源堂相比，林東臉上則流下來了些許冷汗，手抖地繼續操作著，但并沒有阻止那紅屏繼續閃爍——嘲笑著所有人那無謂的舉動。
“請讓我來駕駛！”一股清澈的年輕男聲沖破了單一的警報，讓所有人紛紛向著聲音來源看去——真嗣正氣喘吁吁地站在鐵板上大口吸著氣，而在他后面的則是本該撤退的維修部的引導人員。他扶著膝蓋，胸部大幅度地不斷起伏，嘴里難受地吐道：“請，請讓我，駕駛這臺初號機！”
“你為什么還會回來。”碇源堂緩緩轉過身來看向真嗣，父子倆對視著，那冷峻的氛圍一瞬間將周圍的空氣所凝固，兩個人只是在那毫無意義地僵持著。林東只感覺這幅場景似曾相識，不過不同的是，真嗣卻主動用緊張地熱氣融化了空氣間的冷清：
“因為......”他握了握拳頭，猛地抬頭看向碇源堂，“因為我是EVANGELION初號機的駕駛員，碇真嗣！”
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